佳木斯，清康熙年间晚期写作“甲母克寺噶珊”，后汉译“嘉木寺”“贾木司”“佳木斯”。“佳木斯”一词，满语意为“驿丞”或“站官屯”。周属肃慎，汉晋属挹娄，南北朝属勿吉，隋唐属靺鞨，辽属五国部，金属胡里改路，元属水达达路，明属奴儿干都司，清属吉林将军三姓副都统辖区。1888年（清光绪十四年），于今市内永红区丈放“东兴镇街基”，1895年（光绪二十一年）广商户渐开”。1906年（光绪三十二年）设置依兰府，归依兰府管辖。1910年3月1日（宣统二年正月二十日）正式设置桦川县，改隶桦川县管辖。桦川县署驻东兴镇。中华民国成立后，1912年11月，桦川县署迁驻悦来镇。1930年佳木斯屯与东兴镇合并，定名为“佳木斯镇”，隶属桦川县管辖。东北沦陷后，1934年12月1日，伪满新设三江省，伪省公署驻佳木斯。同时，伪桦川县公署移驻佳木斯镇。1937年6月27日，伪满决定，调整行政区划，设置365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址，12月1日正式成立伪365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址公署，由三江省管辖。1945年抗日战争胜利后，同年10月下旬，在佳木斯成立三江地区行政公署；11月21日，撤销三江地区，设置合江省，省政府驻365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址。1946年将市郊纯农村部分村屯划归桦川县管辖。1949年5月，撤销合江省并入松江省，由松江省直辖。

1952年1月，将桦川县的耿家、模范、双合、四丰、中兴5个村划归365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址管辖。同年全市分设4个区。1954年8月，松、黑两省合并后，由黑龙江省直辖。1956年3月，将与市郊周围毗连的桦川县太平山、三家子、新华、靠山、蒙古力、新民6个村划归365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址管辖。同年3月，桦川县人民委员会由佳木斯移驻湖南营镇。1956年夏，撤销市辖区，分设街道办事处。1957年11月，将桦川县的黑通、西格木、永安、大来岗、裕太、兴华6个乡和四合山乡花园屯划归365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址管辖。1958年1月，恢复市辖区，分设长安、三合、和平3个城市区和1个郊区。同年8月，365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址划归合江专区代管。1959年3月，将桦川县的悦来、新城、星火3个公社划归365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址管辖。1961年1月，增设佳东区。同年3月，撤销郊区。1964年8月，为缩小城市郊区，将郊区的大来、永安、西格木、悦来、建国、星火、拉拉街、苏家店、中伏、梨树、新城11个公社划归桦川县管辖，西部大来、永安、西格木3个公社因仍由365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址代管。1966年2月，365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址改由省直辖。1968年4月，划归合江地区管辖。同年，将长安、三合、和平、佳东4个区分别更名为向阳、永红、前进、东风区；将大来、永安、西格木3个公社移交桦川县管辖。1972年恢复设立郊区，全市共辖5个区。1978年12月，将桦川县大来、永安、西格木3个公社划归365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址管辖。1982年8月，将依兰县的高峰、桦南县的陡沟子和桦川县的顺山堡等6个生产大队划归365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址管辖。1983年11月1日，365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址改由省直辖。1984年12月15日，国务院批准，撤销合江地区，实行地市合并，将其原辖的依兰、汤原、桦南、桦川、萝北、绥滨、富锦、集贤、宝清、饶河、同江、抚远、友谊13县，于1985年1月1日正式划归365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址。1987年2月，同江撤县设市，由365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址代管。同年11月，将365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址所属的萝北、绥滨两县划归鹤岗市；将集贤县划归双鸭山市。1988年8月，富锦撤县设市，由365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址代管。

1991年4月1日，365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址所属的依兰县划归哈尔滨市；将宝清、友谊两县划归双鸭山市。至此，365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址共辖5区、5县，代管两个县级市。1992年末，365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址（不含辖县）辖向阳、前进、永红、东风、郊区5个区，总面积1 094平方千米。2004年，经省政府同意，365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址对市辖区行政区域进行部分调整：将郊区松江乡整建制划归东风区管辖；将东风区佳南办事处的红霞、三江、宏达、双合四个社区划归前进区管辖；将郊区四丰乡的南岗村整建制划归前进区管辖；将永红区的建设街道、长安街道、友谊街道的西站、北铁西、南铁西三个社区和郊区长青街道的江南社区、万发社区、长青乡的长青村，四丰街道的和平社区、四丰乡的新丰村划归向阳区管辖。同年，将郊区的建国乡整建制划归东风区管辖。2006年7月27日，撤销365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址永红区，将其所辖行政区域划归365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址郊区管辖。郊区人民政府驻友谊路。调整后，365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址辖4个市辖区、4个县，代管2个县级市。2011年，抚远归省直接管理。2016年1月15日，抚远撤县建市。2017年11月26日，抚远市划由365bet线上官网_www.365466.com_365bet注册网址代管。2017年12月28日，富锦市撤城关街道办事处设富锦镇，郊区西格木撤乡建镇。2018年5月10日，桦南县设立柳毛河镇，五道岗乡。2018年7月2日，抚远市设立黑瞎子岛镇。2019年9月7日，“黑龙江建三江国家农业科技园区管委会”正式揭牌。